Es gibt viele Gründe, weshalb man als Benutzer eines Computers ein Mainboard einbauen möchte. Notebooks werden in aller Regel an den Hersteller geschickt, damit dieser den Austausch des Mainboards vornimmt, bei Tower- und Desktop-PCs hingegen kann der Austausch auch selbst vorgenommen werden. Wer ohne fremde Hilfe ein neues Mainboard einbauen möchte, sollte einige grundlegende Dinge über die Architektur eines PCs wissen und worauf beim Tausch eines Mainboards zu achten ist.
Zuerst muss festgestellt werden, welchen Formfaktor das Mainboard erfüllen muss. Am weitesten verbreitet ist die ATX-Bauweise, die in fast allen Tower-PCs vorzufinden ist. Kleinere Gehäuse lassen häufig nur den Einbau sogenannter Mikro-ATX-Mainboards oder sogar nur der besonders kleinen ITX-Mainboards zu. Ist der Formfaktor bestimmt, muss schließlich noch der richtige Sockel für die CPU ermittelt werden, damit der gewünschte Prozessor auch eingesetzt werden kann.
Wenn man das Mainboard einbauen möchte, ohne dazu den Tower zu öffnen, kann man bei einigen Modellen eine Einbaulade ausfahren, nachdem man am hinteren Teil des Gehäuses einige Schrauben gelöst hat. Hierdurch erleichtert sich auch der Einbau des Prozessors, des Arbeitsspeichers und gegebenenfalls einiger Steckkarten wie einer Grafik- oder Soundkarte. Beim Installieren des Prozessors muss darauf geachtet werden, dass dieser mit einer kleinen Menge Wärmeleitpaste bestrichen wird, bevor man den Kühlkörper aufsetzt und danach den Stromanschluss des Prozessorkühlers am Mainboard anschließt. Dies ist notwendig, da die Leistung des Lüfters immer vom Mainboard selbst gesteuert werden sollte, da es sich hierbei um die wichtigste Komponente handelt. Alle übrigen Gehäuselüfter können alternativ auch direkt an das Netzteil angeschlossen werden.
Abschließend wird die Festplatte entweder per IDE- oder SATA-Kabel angeschlossen und das Mainboard an das Netzteil angeschlossen. Meist reicht ein 20-Pin-ATX-Stromanschluss dazu aus. Bei leistungsfähigeren Mainbords kann es sich auch um einen 24-Pin-Anschluss handeln und zusätzlich kann der Anschluss eines 4-Pin-Steckers notwendig sein.